są to choroby wynikające z zaburzeń w procesach metabolicznych prowadzonych przez nasz organizm. Mogą one być wrodzone lub nabyte. Są to choroby przewlekłe, które często prowadzą do wystąpienia kolejnych schorzeń.  Niektóre z tych chorób wymagają odpowiedniej diety, np. w przypadku fenyloketonurii powinno się ograniczać produkty, które są bogatym źródłem fenyloalaniny (aminokwas egzogenny). Do chorób metabolicznych zaliczane są między innymi osteoporoza, cukrzyca, fenyloketonuria czy hiperlipidemia i wiele innych.